Le ministère de l’intérieur exerce la tutelle financière et administrative de l'Etablissement depuis le décret du 25 novembre 2010. Dans le cadre de cette tutelle, un contrat d'objectifs et de moyens a été signé entre l'OFPRA d'une part et les ministères du budget et de l'immigration d'autre part le 9 décembre 2008 pour une période de trois ans (2009/2011).
Le président du Conseil d'administration de l'OFPRA est nommé par décret parmi les membres du Conseil sur proposition du ministre chargé de l'asile.
Le directeur général de l'OFPRA est nommé par décret sur proposition conjointe du ministre des affaires étrangères et du ministre chargé de l'asile.
Au sein du secrétariat général à l’immigration et à l’intégration, le service de l'asile assure:
L'élaboration et le suivi des textes en matière d'asile et se prononce sur les questions de principe.
Il suit la politique européenne de l'asile, participe aux travaux de transposition en droit interne des textes communautaires.
Il met en œuvre la réglementation relative à l'asile à la frontière, le règlement Dublin II, le règlement EURODAC.
Il assure l'admission au séjour des demandeurs d'asile en relation avec les bureaux des étrangers des préfectures.
Il pilote le dispositif national d'accueil des demandeurs d'asile.
Il gère les actions en faveur des réfugiés et évalue les actions financées par le FER (Fonds
Européen pour les Réfugiés).