Le ministère des affaires étrangères a exercé, de sa création en 1952 à la loi du 20 novembre 2007 qui y a mis fin, la tutelle administrative et financière de l'Etablissement.
Il a un représentant au sein du Conseil d'administration en la personne du secrétaire général du ministère des affaires étrangères.
La nomination par décret du directeur général de l'OFPRA se fait sur proposition conjointe du ministre des affaires étrangères et du ministre chargé de l'asile
L'OFPRA est relié au réseau diplomatique du ministère des affaires étrangères. Il peut ainsi bénéficier d'échanges d'informations sur la situation politique dans les pays d'origine des demandeurs d'asile et faire procéder par nos représentations diplomatiques à des enquêtes sur place.